No dia 13 de agosto de 1933, o esportista Galiano Alves fundou o Esporte Clube São José, nascendo de uma dissidência da Associação Esportiva São José, que naquela época possuía alguns dos principais jogadores do futebol amador da cidade. A equipe manteve-se participando de torneios amadores em São José dos Campos durante 31 anos, até se profissionalizar no dia 8 de março de 1964.Naquela época, o Esporte Clube São José usava como uniforme camisas pretas, listas verticais brancas e calções pretos (semelhante ao segundo uniforme do Corinthians) e atuava no Estádio da Rua Antônio Saes. O atual estádio Martins Pereira só seria inaugurado em 1970.
O time profissional da cidade continuou com o mesmo nome até dezembro de 1976, quando, atolado em dívidas, e quase falido, foi obrigado a mudar de nome para fugir das cobranças e ameaças de penhora. Na oportunidade, Altamirando Negrão de Palma assumiu a presidência do clube e, junto de outros três diretores, Geraldo Marcolongo, Sérgio Ângelo e Pedro Yves Simão, procuraram ajuda na Federação Paulista de Futebol que, em uma manobra inteligente, fez com que o Esporte Clube São José se transformasse em São José Esporte Clube, mudando inclusive as cores do uniforme e o distintivo. O alvinegro foi substituído pelo azul, amarelo e branco, que são as cores oficiais da cidade.
A estreia em competições oficiais foi em 1957, ainda com o antigo nome – Esporte Clube São José –, no Campeonato Paulista da Terceira Divisão. Entretanto, foi a primeira e única participação durante um longo período, que durou até 1964, quando disputou a Terceira Divisão Estadual (equivalente à atual Segunda Divisão) e foi campeão, conseguindo o acesso à Segundona no ano seguinte.
Em 1965, disputando o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, o clube obteve êxito, conquistou mais um título e, consequentemente, mais um acesso, agora para a Primeira Divisão (atual Série A2) em 1966. Porém, o São José esteve inscrito na competição apenas até o ano seguinte (1967), quando novamente passou por um período longe das competições oficiais. O clube voltou às atividades em 1971, ainda na Primeira Divisão, onde permaneceu até 1976.
No ano de 1977, já com o atual nome – São José Esporte Clube –, a equipe disputou o Campeonato Paulista da Série Intermediária, nomenclatura que permaneceu até 1979. Em 1980, passou a se chamar Segunda Divisão e, naquele ano, o São José Esporte Clube conquistou o título da competição, vencendo o Grêmio Catanduvense na final por 4 a 0 e passou à Primeira Divisão Estadual (atual Série A1).
A equipe esteve na elite do futebol paulista por três anos, até 1983, e em 1984 não participou da competição - retornou ao futebol profissional no ano seguinte, novamente na Segunda Divisão. O São José levou mais três anos para conseguir voltar à elite. Em 1987, venceu a Série Especial e chegou à Primeira Divisão, competição que participou de 1988 a 1993, quando foi rebaixado.
De 1994 a 1996 disputou a Série A2 do Campeonato Paulista, competição que credenciou o time novamente à Série A1 de 1997. No ano 2000, o clube foi mais uma vez rebaixado para a Série A2 e, quatro anos mais tarde, em 2004, caiu para a Série A3. Em 2006 conseguiu o vice-campeonato da Série A3 e voltou a disputar a A2, em 2007.
Na temporada de 2007, o São José conseguiu a classificação à segunda fase do Campeonato Paulista da Série A2. Contudo, terminou as semifinais na última colocação do Grupo 02 e não conseguiu o acesso. No ano seguinte, terminou a primeira fase na 9ª colocação e, mais uma vez, permaneceu na Série A2.
Em 2009, com uma boa campanha na primeira fase da competição – quando terminou na 6ª colocação –, o São José conseguiu se classificar à fase seguinte do Campeonato Paulista da Série A2. Nas semifinais, a equipe ficou muito próxima de conseguir o tão sonhado acesso. O time terminou na terceira colocação do Grupo 03, dois pontos atrás do Sertãozinho – equipe que se classificou à elite de futebol paulista. Na última partida, o São José foi derrotado pelo Rio Branco, em Americana, por 2 a 0, e não conseguiu a vaga para a Série A1.
Títulos
Campeonato Paulista - Série A2: 2 vezes (1972 e 1980).
Campeonato Paulista - Série A3: 1965.
Campeonato Paulista - Série B: 1964.
Campeonato Paulista - Série A3: 1965.
Campeonato Paulista - Série B: 1964.
Estádio
O Estádio Martins Pereira foi inaugurado no dia 15 de março de 1970, com o jogo amistoso entre Atlético/MG e Internacional/RS, vencido pelo time mineiro por 1 a 0. O gol foi marcado por Dadá Maravilha, aos 29 minutos do primeiro tempo. Naquela época, o time da cidade ainda era o Esporte Clube São José, o "Formigão do Vale", de cores alvi-negras. A primeira partida do antigo Formigão em seu estádio foi contra o Nacional de São Paulo, perdendo por 1 a 0, no dia 22 de março de 70. A primeira vitória só aconteceria uma semana depois, contra o Saad de São Caetano, por 2 a 1. O estádio começou a ser construído em 1968, sacrificando o futebol profissional da cidade, que ficou dois anos desativados. Antes, o "Formigão do Vale" mandava seus jogos no Estádio da Rua Antônio Saes, com arquibancadas de madeira e capacidade para cerca de 5 mil torcedores, e que foi vendido para a construção do novo estádio. O São José Esporte Clube, já com nova ata e novo estatuto, fez seu primeiro jogo oficial no Estádio Martins Pereira em janeiro de 1977, contra o São Paulo, empatando em 0 a 0.
O estádio Martins Pereira tem capacidade de 22 mil pessoas, que é o recorde oficial de um jogo que aconteceu em 1987 , num jogo São José e São Paulo pelo campeonatp paulista, especula-se que esse recorde foi batido no jogo São José 1 x 1 São Paulo pelo Paulistão-97, o jogo teve 19 mil pagantes e aproximadamente 5 mil pessoas entraram de graça, o que daria um público de aproximadamente 24 mil pessoas. O estádio não pertence ao São José, pois ele foi usado para pagar uma dívida do clube. Atualmente ele é de propriedade da Urbam (Urbanizadora Municipal), órgão ligado à Prefeitura de São José dos Campos.
O estádio Martins Pereira tem capacidade de 22 mil pessoas, que é o recorde oficial de um jogo que aconteceu em 1987 , num jogo São José e São Paulo pelo campeonatp paulista, especula-se que esse recorde foi batido no jogo São José 1 x 1 São Paulo pelo Paulistão-97, o jogo teve 19 mil pagantes e aproximadamente 5 mil pessoas entraram de graça, o que daria um público de aproximadamente 24 mil pessoas. O estádio não pertence ao São José, pois ele foi usado para pagar uma dívida do clube. Atualmente ele é de propriedade da Urbam (Urbanizadora Municipal), órgão ligado à Prefeitura de São José dos Campos.
Hino
(Otávio de Assis)
Vai, pelo céu do Brasil
Vai, nesse azul de anil
ÁGUIA DO VALE Voou...
Buscando com suas garras mais um gol
( Goool...! )
Vai, glorioso esquadrão
Vai, o grande campeão
Mostrar a todo o Brasil
O que é
A sua força e garra
Oh! Grande São José
Você Sempre será
Orgulho do País
Contigo São José
Me sinto tão feliz
Nasceu para vitórias
És grande Campeão
Orgulho da cidade
E de toda Nação
ÁGUIA DO VALE eu sei,
Terás vitórias mil
Irás sobrevoar
Os campos do Brasil
Não há que te agüente
És forte, és varonil
Campeão do meu Brasil
Mascote
O São José Esporte Clube já fez várias fusões ao longo de seus 74 anos de vida. Foi a partir de 1976 que o clube passou a utilizar o atual nome. Naquele momento, o Esporte Clube São José ainda era chamado de “Formigão do Vale”, devido a quantidade enorme de formigas do tipo “içá” que voavam pela cidade.
Para este novo momento, o São José trocou de nome, de cores (antes era preto e branco) e de mascote. A águia foi escolhida para representar o clube do Vale do Paraíba pelo valor simbólico que a força e a garra da ave representariam daquele momento em diante de sua história.Em 1989, a Águia do Vale mostrou a sua força quando chegou às finais do Paulista, mas acabou derrotado pelo São Paulo.
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