O Linhares Esporte Clube foi fundado em 15 de março de 1991, como resultado de uma tentativa de fusão dos dois times da cidade de Linhares: Industrial Esporte Clube e o América Futebol Clube. Dirigentes do Industrial, com o intuito de projetar o time da cidade no cenário estadual e até nacional, se uniram aos do América surgindo o
Linhares Esporte Clube. Na ocasião, a fusão não passou das quatro linhas. 
Em 1993, o a equipe conquistou um feito inédito, o de Campeão Capixaba de Futebol. Aí surgiu a necessidade de unir os patrimônios dos dois clubes, o que não deu certo, pois os dirigentes do América não aceitaram.
Assim então o Industrial foi extinto e passou a ser chamado de Linhares Esporte Clube.
Em 1994, o time conseguiu outro feito inédito, ficando em 3º lugar na Copa do Brasil, na frente de muitos times de nome internacional, como o Palmeiras. Ficou atrás apenas do Grêmio e do Ceará.
O Linhares só caiu para o Ceará. E poderia ter feito a final, pois segurou um 0 x 0 em Fortaleza e perdeu a classificação em casa, por 0 x 1.
Em 1995, o Linhares Esporte Clube sagrou-se, novamente, Campeão Capixaba de Futebol.
Em 1997, o Linhares Esporte Clube conquistou o seu terceiro título estadual.
Neste ano de 1998, o Linhares conquistou um feito inédito para um clube do interior do estado do Espírito Santo, o Bicampeonato estadual.
Tudo isso e ainda uma campanha de destaque na Série C do Campeonato Brasileiro, em apenas 8 anos de existência. Neste pequeno espaço de tempo foram revelados jogadores como Hiran (goleiro menos vazado do Campeonato Brasileiro de 96) e Zé Afonso (Campeão Brasileiro de 96).
Títulos
1993: Campeão Capixaba
1995: Campeão Capixaba (segundo título estadual)
1997: Campeão Capixaba (terceiro título estadual)
1998: Bi-Campeão Capixaba
Hino
Sou torcedor de um time campeão
Vou com o Linhares porque é do meu coração
Na terra, no céu, ou no mar
Em busca da vitória com o Linhares chego lá.
Sou torcedor de um time campeão
Vou com o Linhares porque é do meu coração
Na terra, no céu, ou no mar
Em busca da vitória com o Linhares chego lá.
Esquadrão Azul, bravo guerreiro
Faz mais um gol e confirma a sua glória
Da multidão que ri, da multidão que chora
Linhares eôôô eôôô traz a vitória.
Guilherme Augusto de Carvalho,
com capacidade para 9.000 espectadores
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