Com o nome de Guaratinguetá Esporte Clube, o time foi fundado, em primeiro de outubro de 1998. O objetivo inicial era fazer renascer o espírito esportivo, que vigorou na época áurea da Associação Esportiva Guaratinguetá. Clube que no 
passado trouxe muito e orgulho ao município.Em quatro de novembro de 1999, um ano após a fundação, o clube deu um passo importante para sua estruturação, com a criação do “Consórcio Guaratinguetá”, quando foi assinado um contrato de co-gestão com a C.S.R Futebol e Marketing, grupo do empresário Carlos Arini, o Carlito, com os jogadores César Sampaio e Rivaldo.
O respaldo financeiro, técnico e administrativo, proporcionado com a parceria, impulsionou a equipe do Tricolor do Vale e possibilitou a filiação junto a Federação Paulista de Futebol, no dia 26 de novembro de 1999.
A parceria também possibilitou a equipe de profissionais fazer bonito em 2000, quando encerrou a sua primeira participação na temporada da série B2 do Campeonato Paulista na terceira posição. Colocação esta repetida em 2001, quando, foi alcançado o acesso à série B1.
Em 2002, com o fim do consórcio com a C.S.R Futebol e Markentig, o Guaratinguetá passa a contar com o apoio financeiro dos empresários Odário Mardegan Durães e Elmiro Aparecido de Faria. Nessa fase o time obteve mais um acesso, desta vez, rumo à série A3, em uma final disputada contra a equipe de Rio Claro Esporte Clube. No mesmo ano a equipe de Juniores sagrou-se vice-campeã da categoria.
A partir do ano de 2004 o empresário Sony Alberto Douer chega ao clube, com uma nova filosofia de trabalho e logo no primeiro Campeonato a frente da gestão do Guaratinguetá obteve o Acesso para a série A-2 do Campeonato Paulista.
Em fins de 2005, Sony Alberto Douer, em conjunto com Carlos Arini (Carlito), criou a Sony Sports. A empresa passou a gerenciar o Clube, com o apoio dos empresários Clementino Bolan Filho e Gustavo Gazzolla. Com o fôlego renovado, o Guaratinguetá evitou o rebaixamento da equipe.
O passo seguinte dos novos dirigentes foi promover a reestruturação, culminando na transformação para clube empresa, o Guaratinguetá Futebol Ltda. O sistema administrativo, adotado por times europeus e com características típicas da iniciativa privada, possibilitou dinamizar a gestão, agilizar as decisões e facilitar o planejamento de metas.
Como conseqüência desta inovação, o saneado e reestruturado Guaratinguetá conquistou o tão desejado acesso a série A-1 do Campeonato Paulista 2006/2007. A cidade de Guaratinguetá, depois de 45 anos, novamente pôde ter o seu nome na elite do futebol Paulista.
2007 - É Campeão do Interior!!!!
O Guaratinguetá se preparou e muito para disputar a Série A-1 do Paulistão, o técnico Carlos Rabello começou o trabalho ainda em novembro de 2006, depois veio Toninho Cecílio e o Guará terminou a competição com Márcio Araújo. Alguns jogadores do acesso ficaram e reforços foram contratados. Como todos sabem, esse grupo de atletas entrou para história do futebol valeparaibano ao vencer o Noroeste em Bauru e conquistar o título de Campeão Paulista do Interior. Um momento mágico na história do Guaratinguetá.
Estádio
Professor Dário Rodrigues Leite
Capacidade 15.769
Inaugurado em 07 de setembro de 1965
Primeiro Jogo Associação Esportiva Guaratinguetá 0 x 0 Esporte Clube Taubaté
Foi uma homenagem a um professor da cidade que se dedicou muito ao esporte.
Hino
(Cláudio Braga e Marcelo Betti)
Vamos todos abraçar o nosso clube campeão.
Guaratinguetá do coração.
O azul, vermelho e branco faz vibrar nossa torcida
Orgulho desta terra tão querida.
Guaratinguetá, sua glória...
É luta, é garra, é vitória.
Vamos torcer, cantar pra valer...
Sou Guaratinguetá até morrer...
A emoção é mais forte na hora do gol...
Tu és um time vencedor...
Guaratinguetá é raça, é amor, é grito de paixão...
A alegria do torcedor!
Em 2007, Guaratinguetá entrou em campo com um novo desenho de sua mascote.O artista Renato Guimarães deu os toques finais a Garça estampada na camisa azul, branco e vermelho do Guará. A ave, símbolo da equipe, surgiu em homenagem ao nome da cidade, pois Guaratinguetá, na língua dos índios tupi –guaranis significa “abundância de garças brancas”.
site: http://www.guarafutebol.com.br