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Nesta etapa de sua história, o Águia teve como primeiro presidente José Atlas Pinheiro, o Zé Pinheiro, filho de tradicional família marabaense, ocasião em que o time conquistou três títulos municipais nos anos de: 1.989, 1.992 e 1.993, além de três vices campeonatos em: 1.988, 1.994 e 1.996. Quando do último vice-campeonato, o presidente já era Jorge Nery, que, procurado pelo vereador Sebastião Ferreira Neto, o Ferreirinha, no ano de 1.999, concordou em transformar o time em “Clube Profissional”, o que acabou acontecendo, devido o apoio do então presidente da Federação Paraense de Futebol (FPF), coronel Antônio Carlos Nunes e da Companhia Vale do Rio Doce, hoje Vale; além de outras empresas locais.
Neste primeiro ano, o Águia de Marabá conquistou o título da Copa Ferreirinha, cujo torneio foi criado para homenagear o mentor da criação do time, Sebastião Ferreira Neto, e disputado por equipes dos estados do Maranhão e Tocantins, além do time anfitrião, que no ano seguinte ficou em segundo lugar do torneio, tendo perdido a final para o Clube do Remo.
O torneio serviu de preparação para a disputa do Campeonato Paraense de 1.999, em cujo torneio o time terminou entre os quatro melhores colocados, com um plantel forte, onde se destacavam: Marcos Garça, Damião, Berg, Paulinho Santarém, Gilberto Pereira e Maurinho, entre outros craques, entretanto o maior destaque da equipe foi o “prata da casa” Corujito, que marcou três gols na competição e sagrou-se artilheiro da equipe no campeonato.
Neste ano de sua fundação, o Águia teve um reforço de peso, conquistado na Casa do Estudante, em Belém, onde os irmãos desportistas: Denner e Donner; e os amigos Sidney Jr. e Jorge criaram a torcida “Filhos e Amigos de Marabá”, que no ano seguinte se uniu à Torcida do Águia de Marabá, para realizarem a fusão que resultou na Torcida Organizada do Águia de Marabá (TOAM), que a partir daquele ano, passou a acompanhar o time durante as disputas oficiais e amistosas.
Nos dois anos seguintes, o time sagrou-se campeão do interior, título recomendado a equipe interiorana melhor classificada na competição, e justamente devido a este boa performance no torneio, a equipe marabaense garantiu direito de disputar a Série C do Campeonato Brasileiro, onde teve atuações discretas, porém, acima da expectativa da diretoria e torcida aguiana, o maior destaque da agremiação azulina foi o atacante Marquinhos, oriundo do futebol amador de Marabá. O jogador, é considerado por muitos cronistas locais, como um dos principais atletas da equipe desde sua fundação.
Em 2.002 o time não teve boa participação no certame estadual, e terminou a temporada sendo treinado pelo diretor de futebol João Galvão, que no ano seguinte levou a equipe a sua maior façanha até o momento, que foi derrotar o Paysandu por 1 a 0, com gol de Carlos Wálber, dentro Curuzu lotada, com o adendo da equipe da capital está realizando excelente campanha na Taça Libertadores da América, e justamente após o time bicolor haver goleado o Universidade Católica, no Chile, por 5 a 2, com destaque para: Robgol, Yarlei, Sandro, Gino, Jorginho e outras feras, que não viram a cor da bola contra o time de Marabá.
Nos anos seguintes, o Águia passou a deter o respeito dos grandes clubes do estado, além de ter adquirido moral junto a imprensa, torcida e desportistas de todo o estado e região, fato que despertou o interesse de vários jogadores de virem jogar na equipe azulina.
Essa credibilidade fez a diretoria aguiana contratar vários jogadores de renome do futebol brasileiro, com destaque para: Ailton (ex-Flamengo), Marcos Garça (ex-Guarani), Cláudio (ex-Atlético Mineiro), Erasmo (ex-Palmeiras), Márcio Santos (ex-Olaria), entre outros grandes jogadores que tiveram passagem marcante pela equipe marabaense. Ainda hoje, o time aguiano é muito pretendido por jogadores de várias equipes de todas as partes do país, que são atraídos pela seriedade da diretoria aguiana, que honra seus compromissos com jogadores e demais profissionais contratados para integrar o time durante as ininterruptas temporadas.
Estádio
Estádio Municipal Zinho de Oliveira , capacidade 4500.
Está sendo construído um novo estádio municipal no Bairro Folha 16
Hino
LETRA: NILVA BURJACK
INTERPRETAÇÃO: NILVA BURJACK
SOU ÁGUIA DE CORAÇÃO
SOU AZUL E BRANCO
SOU FORTE, SOU PAIXÃO
GUERREIRO, SOU CAMPEÃO!
É GOL, É RAÇA É EMOÇÃO...
NAS ASAS DO VENTO SOU AMOR
SOU MARABÁ BRASIL
SOU DA COR DA FLOR
SOU PAZ, SOU SUL DO PARÁ
SOU ÁGUIA DE MARABÁ...
É GOL, É BOLA NA RÊDE
SACODE A BANDEIRA, LEVANTA A POEIRA.
SOU ÁGUIA, SOU ÁGUIA, SOU ÁGUIA, SOU MARABÁ ... BIS...
A ÁGUIA, SÍMBOLO DO CLUBE É UMA DAS MAIS NOTÁVEIS AVES, PELO TAMANHO, VIGOR, ACUIDADE DE VISÃO E CAPACIDADE DE VÔO.