O clube foi fundado em 21 de abril de 1965. Sagrou-se campeão do Campeonato Baiano da Segunda Divisão em 1989, até então seu único título. Na edição de 2012, foi novamente promovido à primeira divisão do estadual, desta vez com o vice-campeonato.
Desde 2011, a equipe estabeleceu uma parceria com a HWT Promoções Esportivas, empresa sediada em Campinas, que assumiu inicialmente a cogestão das categorias de base e, no início de 2012, o time profissional. Em 2014, rompeu com a empresa.
Em 2014, participou pela primeira vez de um torneio nacional, a Série D. O Leão do Sisal quase se classificou para a Série C 2015, mas foi eliminado nas quartas de final pelo Confiança.
Em 2015, pela primeira vez a equipe de Riachão se classificou para disputar a Copa do Brasil. Logo em sua primeira participação no torneio, o Jacuipense fez história e passou da 1ª fase, ao eliminar o Paraná nos pênaltis.
Escalação por torcedores
O time chamou a atenção da mídia quando tornou a notícia oficial no início de 2014, inovando sobre a escalação do time nos jogos, os torcedores poderia fazer a própria escalação pelo aplicativo "Total Choice", que podia ser acessado na internet ou pelo tablet ou smartphone. Os atletas mais votados ao final de um determinado prazo entravam em campo. Por meio do programa/aplicativo qualquer interessado em 'jogar' o Total Choice se cadastrava e escalava a equipe do Jacuipense a partir dos verdadeiros atletas disponíveis no plantel do time. Nas duas primeiras rodadas do Campeonato Baiano, esta escalação foi computada apenas para pontuação no game em si, mas, depois, os jogadores que receberam mais 'votos' dos técnicos virtuais realmente entravam em campo.O time também optou pelo método no série D de 2014.
Campeão Baiano - 2ª Divisão 1989
Estádio
Eliel Martins (apelidado de Valfredão), cuja capacidade é de 5.000 lugares.