O Manaus surgiu como projeto do vereador de Manaus, Luis Mitoso(ex-presidente do Nacional após este se desligar da diretoria do Leão da Vila Municipal por questões particulares.
Mitoso se desligou do Nacional em Março de 2013 quando era vice-presidente do clube, depois de quatro anos a frente do Nacional como presidente, na companhia de Giovane Alves.
O clube foi fundado oficialmente em 5 de Maio de 2013 e no mesmo ano disputou o Campeonato Amazonense de Futebol de 2013 - Segunda Divisão, onde foi campeão dos dois turnos e entrou para a lista de participantes da Primeira Divisão do Campeonato Amazonense de Futebol de 2014.
A escolha do nome se deu pela falta de um clube que homenageasse a cidade de Manaus, uma das capitais a não possuir um clube homônimo.
A 1ª competição do clube foi a Segunda Divisão do Campeonato Amazonense de Futebol, mandando seus jogos no Estádio do SESI, em Manaus.
Ao contrário de todos os outros clubes amazonenses, o Manaus teve o primeiro jogo de sua história já com um time profissional. Ocorreu no dia 14 de Setembro de 2013 no Bacurauzão, em Manicoré: CDC Manicoré 1x2 Manaus FC. Seu segundo jogo ocorreu no dia 21 de Setembro onde venceu o Nacional Borbense por 7x2 e tornou-se campeão do primeiro turno da Segunda Divisão do Campeonato Amazonense de Futebol de 2013 e se classificando para a Primeira Divisão do Campeonato Amazonense de Futebol de 2014. No dia 17 de Outubro, voltou a enfrentar o CDC Manicoré no Estádio do SESI pela segunda rodada do segundo turno onde venceu por 4x1 e consagrou-se campeão dos dois turnos da Segunda Divisão do Campeonato Amazonense de Futebol de 2013.
Alcunhas Manaus FC ; Verdão da Capital ; O Gavião do Norte
Mascote Gavião Real