Foi a primeira equipe a partir da costa caribenha para ser campeão colombiano de futebol na temporada de 1968, e o primeiro da região a ir para um torneio internacional, a Copa Libertadores de 1969.
Em 10 de marco de 1951 foi fundado o Deportivo Samarios, precursor do atual Union Magdalena. Naquela temporada, Samarios ganhou a maior vitória da história do futebol colombiano, um 12-01 na Universidade Nacional. A temporada seguinte foi a última de Samarios, ranking 11 º no campeonato .
Em 1953 e 1954 o Union assumiu o campeonato em posições intermediárias, em 1954, o Union retirou-se faltando uma rodada para concluir o torneio, sendo precedido da desfiliação da equipe em 1955. Em 1956, a equipe retornou ao profissionalismo ocupando o último lugar no torneio ( 13° lugar, com oito pontos), apesar de ter contratado 32 jogadores para disputar o torneio. No ano seguinte, o time mudou 22 jogadores e ficou em sétimo lugar no torneio antes de desfiliar-se da División Mayor do Futebol Colombiano em 1958. Union voltou para o campeonato do ano seguinte, e em épocas posteriores, mas não tiveram bons resultados. Note-se que o clube samario não participou dos campeonatos em 1961 e 1962 .
O Union Magdalena tinha uma mistura de jugadores samarios e paraguaios para o campeonato em 1968. Torneio Apertura foi um sucesso , acumulando 38 pontos e se classificano para o final do ano e da Copa Libertadores.
A grande final do ano teve o Deportivo Cali em casa contra o Union, na primeira partida mão. Um gol de Aurélio Palacios deu a vitória ao Union, em Cali. A partida de volta disputada no Estadio Eduardo Santos teve o Deportivo Cali ganhando por 0-2, mas Raul Peñaranda (66) e Ramon Rodriguez (86 ') marcaram os gols do empate final 2-2 , deu o seu primeiro título, e único até o momento no futebol profissional colombiano.
Na sua qualidade de campeão do futebol da Colômbia, Unión Magdalena no Grupo 1 da Copa Libertadores de 1969, em que os clubes da Colômbia (juntamente com o Deportivo Cali) enfrentaram os venezuelanos Deportivo Italia e Deportivo Canárias. Ganhou dois jogos, ambos em casa por 1-0 para o Deportivo Canarias e 3-0 para o Deportivo Italia, que não foi suficiente para se qualificar para as quartas de final. A participação na Copa Libertadores foi refletido no Campeonato Colombiano , porque o Unión Magdalena terminou em último da reclassificação (em 14 º lugar com 38 pontos).
A década de 1970 o Unión Magdalena ficava geralmente localizados no meio da tabela. Seus piores temporadas foram os últimos lugares obtidos na reclassificação de 1972, (34 pontos em 52 jogos) e 1974 (26 pontos em 47 jogos). No entanto, no final da década, em 1979, teve participação destacada. A equipe foi o quarto com 52 pontos, chegando aos quadrangular semifinal. Lá, venceu o Grupo B ao derrotar o Santa Fe, Deportivo Cali e Once Caldas. Mas no quadrangular final, o desempenho da equipe caiu. Em 19 de Dezembro, com a sua derrota por 2-0 deu a América de Cali seu primeiro título na história [18].
Para a temporada de 1999, o novo sistema de descenso implementado pela Dimayor , que é a soma e divisão de marcas para jogos das duas últimas temporadas e que está em andamento. Depois de ter sido em 14 º lugar no campeonato com 44 pontos, caiu para a Primeira B, depois de ser passado na média tabela 1,099 contra 1,138 do Atlético Huila.
União Magdalena estreou em 2000 na Segunda Divisão, chegando ao quadrangularr final do ano. Apesar de superar a classificação final , o Expreso Palmira e Deportivo Rionegro , o Deportivo Pereira venceu o campeonato com 15 pontos, cinco a mais do que o Union teve que ficar mais um ano na "B" .Em 2001, a União voltou para o quadrangular final da Primera B, superando apenas o Chico Bogotá,ficando atrás do Deportivo Rio Negro e do campeão Deportes Quindío.
Apesar dos resultados, Dimayor Assembléia Geral aprovou a expansão de equipes de futebol profissional na Colômbia de 16 para 18 equipes, que levaram à adoção de um triangular de acesso entre o rebaixado de 2001, o Atlético Bucaramanga, e os dois afiliados Dimayor na Primera B, o Deportivo Cúcuta e do Unión Magdalena . Em 16 e 18 de Dezembro, o Union consegue seu retorno à Primeira Divisão com as vitórias por 2-0 contra os rivais , que lhe deu o título de campeão do Triangular de Promoción 2001
Em seu retorno à Primeira Divisão em 2002, classificando aos quadrangulares semifinais do Torneio Apertura, ficando em segundo lugar no Grupo A com nove pontos, a sete do Atlético Nacional.. No Finalización, mais uma vez chegou as semifinais, sendo eliminado do Grupo B, junto com o Atlético Nacional e América de Cali e o finalista Deportivo Pasto.
O ano de 2003 no Torneo Apertura significou a terceira classificação consecutiva para as semifinais, desta vez sendo o último do grupo A , que deixou o campeão do torneio, o Once Caldas. O fim foi uma das melhores campanhas do Union, ficando no terceiro lugar com 28 pontos. No entanto, em uma semifinal apertado, o 'Cyclone' foi eliminado pelo Deportivo Cali, e o finalista Millonarios.