Fundado em 25 de março de 1968, o Prudentópolis era uma equipe que disputava apenas os campeonatos da liga local. A trajetória até chegar à elite do futebol paranaense começou no mesmo ano de sua profissionalização (1997), quando conquistou a Série A-3 do Campeonato Paranaense, conhecida como Terceira Divisão. No ano seguinte, o Leão ficou em 4º na Divisão de Acesso e não conseguiu subir de divisão, até que em 1999 ficou em 3º lugar e conquistou a vaga para a elite do Paranaense. Acesso que contribuiu para a sequência dos próximos anos, entre os melhores times do futebol paranaense. Na primeira participação da primeira divisão, o clube ficou na 5ª colocação, classificação que empolgou a diretoria e também a própria cidade, pois o público girava em torno de 2.500 a 3 Mil pessoas no Estádio Newton Agibert, espaço cedido pela prefeitura.
Com boas campanhas, a equipe chegou a ter atletas que brilharam no futebol nacional e mundial, depois que vestiram a camisa do Prudentópolis. Destaque para o atacante Liédson, que jogou apenas 15 vezes e marcou cinco gols, no ano de 2001. Com bom futebol apresentado, o atacante transferiu-se no mesmo ano para o time da capital, o Coritiba. Depois disso, atuou no Corinthians, Flamengo, Sporting até chegar na seleção Portuguesa em 2009. Hoje, joga novamente no futebol português, desta vez no Porto. Em 2004, Prudentópolis ficou conhecido nacionalmente na Copa do Brasil, pois o clube avançou para a segunda fase da competição. Este fato foi inusitado, uma vez que era a primeira participação do time no torneio.O primeiro confronto foi contra o São Gonçalo, no Estádio Newton Agibert, em Prudentópolis. A equipe paranaense goleou no placar de 4 a 0, com gols de Tita (2), Biro-Biro e Sandro. Já no segundo jogo, time carioca venceu por 2 a 1, no Machadão, com gols de Rodrigão (2), para o time da casa, e Zé Maria para o Prudentópolis. Derrota que não tirou a vantagem do time paranaense, emitida no primeiro confronto.
Depois de passar da primeira fase em sua primeira participação, o segundo confronto foi contra um time mais forte, o Internacional. Clube que contou com a ótima atuação do atacante paranaense Nilmar, que marcou duas vezes e ajudou o Inter eliminar o Prudentópolis. Desta forma o clube gaúcho avançou para a oitava de finais e freou a trajetória do time do Centro-Sul do Paraná, que acabou sendo derrotado na partida no placar de 2 a 0, no Olímpico, em Cascavel.
Rebaixado no campeonato paranaense no mesmo ano, ficando na 16ª(e última ) colocação. Disputou a segunda divisão em 2005 e foi extinto em 2006.
Uniforme Camisa branca com gola e mangas vermelhas, calção branco com listra vertical vermelha na lateral e meias brancas com detalhes em vermelho
Estádio Municipal Newton Agibert - capacidade 5000
Uniforme Camisa branca com gola e mangas vermelhas, calção branco com listra vertical vermelha na lateral e meias brancas com detalhes em vermelho