O C.R.Guará foi fundado por um grupo de servidores do extinto Departamento de Topografia Urbana, órgão responsável pelas medições da futura capital federal. Entre eles Oswaldo Cruz Vieira, o Oswaldão, primeiro presidente do clube. Oswaldão, corintiano roxo, escolheu as cores preta e branca para o clube recém criado, além de adotar um distintivo semelhante ao do clube paulista.
O Guará participou do primeiro campeonato brasiliense, disputado em 1959 por 8 equipes: Defelê, Rabello, Pederneira, Alvorada, Nacional, Grêmio Brasiliense, Planalto e o próprio Guará, sendo que o Grêmio Brasiliense foi o campeão. Em 1960 o Guará foi vice perdendo o título para o papão da época: o Defelê.
Depois de altos e baixos o Guará ficou durante algum tempo sem atividades esportivas. Nos meados da década de 70 o Humaitá e o Corinthians, clubes amadores da então recente cidade-satélite do Guará se uniram e resolveram continuar o legado do saudoso Oswaldão, instalando no Guará o clube.
Em 1976 voltou a ser vice, perdendo o título para o Brasília Esporte Clube.
Em 1978 o Guará também ganhou um estádio para jogar, o Cave (atualmente cabendo 7 mil pessoas), facilitando as coisas para o torcedor e também criando mais indentificação com o lugar que representa.
No ano de 1979 o lobo participou pela primeira vez em sua históra do campeonato brasileiro, caindo no mesmo grupo de times do Distrito Federal, que foram na época o Gama e o Brasília. O time ficou na última colocação do grupo e do torneio com apenas 2 pontos.
Em 1980 e 1982 disputou a Taça de Prata (equivalente a segunda divisão nacional) e ficou na última posição do grupo. Em 1983 por pouco não classificou para a próxima fase.
A sina de vice do candangão continuou nos anos 80, quando foi vice por 3 anos seguidos (1981, 1982 e 1983), quando perdeu a final para o Taguatinga e pro Brasília duas vezes, respectivamente.
Mas nos anos 80 o lobo da colina teve também uma grande conquista: o torneio Centro-Oeste, quando acabou vencendo o bom time do Brasília por 4 x 2 nos pênaltis e conquistando o seu primeiro título.
No início da década de 90 a cor amarela juntou-se às cores preta e branca e completou o pavilhão atual do clube.
O Guará foi tricampeão de juniores de 90/91/92.
Em 1991 o time voltou a ser vice no candangão para o Taguatinga, mas no ano de 1996 o sonho do Guará ser campeão virou realidade: o o Guará comandado por Déo de Carvalho foi campeão derrotando duas vezes a equipe do Gama. No primeiro jogo, no campo do adversário, o Lobo venceu por 1 a 0. No jogo da volta um público de pelo menos 5000 torcedores presentes viu o Guará derrotar seu rival por 3 a 1 no CAVE e conquistar o título inédito.
Em 1997 o Guará disputou a Copa do Brasil, mas acabou levando 7 x 0 do Internacional em casa. O Inter após ver a boa atuação do jovem zagueiro Lúcio naquela partida contratou o jogador e o levou para Porto Alegre, e lá começando a ser reconhecido nacionalmente, e depois internacionalmente. Hoje é um dos maiores zagueiros do futebol mundial.
Em 1997 o lobo acabou fazendo uma campanha fraca no candangão, mas em 1998 o clube confirmou a sua má sorte, sendo vice novamente após perder para o campeonato para o Gama.
No ano de 1999 o Guará disputou novamente a Copa do Brasil, mas acabou novamente sendo humilhado por um time gaúcho, dessa vez foi o Juventude que enfiou 5 x 1 no Mané Garrincha e garantiu a vaga sem precisar de jogo de volta. Lembrando que o Juventude acabou sendo o campeão desse torneio.
Após lutar para não cair em alguns campeonatos dos anos 2000, o Guará acabou sendo rebaixado pela primeira no ano de 2006, quando ficou na lanterna do grupo B.
Em 2007 por pouco não foi rebaixado a terceira divisão do Distrito Federal.
Em 2008 não deu outra, o time auri-negro foi rebaixado para a terceira divisão, marcando o seu declínio no futebol, principalmente pela falta de competência dos dirigentes que levaram o campeão brasiliense de 1996 ao buraco.
Em 2009 para completar o time acabou desistindo de disputar a terceira divisão local, principalmente pela falta de dinheiro. Ficaremos na torcida para que o lobo do guará de tantas tradições no futebol brasiliense volte a ativa o mais rápido possível.
Títulos
Campeão Estadual 1996
Estádio
Antônio Otoni Filho
Local: Guará/DF
Inauguração: 16 de abril de 1978
Jogo de inauguração: Corinthians-DF 0 x 2 Vitória
Recorde de público: 7.138 sendo: 6.929 pagantes - Botafogo-DF 1 x 2 Ceilandense
Hino
Autor: José Wilson Costa Dias
Eu sou da turma do Guará
De união e força para lutar
Meu maior orgulho é viver
Sempre amando meu clube pra valer
Sua história é curta pra contar
Mas suas glórias encantam os mil
Meu amor eterno e plenamente
Em qualquer parte do Brasil
Guará campeão candango
Suas cores me fazer crer
Eu quero lhe ver jogando meu lobo querido
Sempre amarei você (x2)
Mascote
Lobo Guará
O símbolo do clube é o Lobo-Guará, animal que era abundante em Brasília na época de sua fundação e que batizou o mais antigo clube de futebol do Distrito Federal.