Após disputar a liga amadora de sua cidade, o Independente estréia no profissionalismo da Terceira Divisão, em 2000, como Associação Esportiva Independente de Macaé. Nesse mesmo campeonato, sagra-se campeão e promovido à Segunda Divisão com uma campanha extraordinária.
Em 2001, já na Segunda Divisão, não consegue passar da primeira fase. No ano seguinte também é eliminado prematuramente.
Em 2003, fica em último lugar no seu grupo na primeira fase e acaba rebaixado para a Terceira Divisão.
Em 2004, já na Terceira, é o vice-campeão, perdendo a final para o CFZ.
Em 2005, está de volta à Segunda Divisão, mas não passa da primeira fase. No ano seguinte, se retira do campeonato juntamente com o Goytacaz Futebol Clube.
Em 2007, volta às disputas ficando em oitavo lugar na classificação geral. Os cinco primeiros subiram.
Em 2008, faz uma péssima campanha e é rebaixado novamente à Terceira Divisão de Profissionais de 2009.
Rebaixado da Segundona em 2008, ao lado do Serrano Foot Ball Club, o Independente está sob nova direção para a disputa do Campeonato Estadual da Terceira Divisão de 2009. A agremiação foi vendida para um grupo de empresários e passará a se chamar Serra Macaense Futebol Clube, mesma denominação do centro de treinamentos do clube em fase adiantada de construção na localidade conhecida como Trapiche, em Macaé. Além de seis campos para treinamentos e jogos das categorias de base, o CT terá piscina de água natural e hotel-concentração. A marca Independente foi comprada por um grupo disposto a fazer do Serra Macaense, a nova sensação do futebol do Estado, em pouco tempo. Apesar de continuar a ser tricolor, a disposição das cores mudará. Entrará em cena o verde, deixando para trás o azul da combinação azul, preto e branco, que tanto fazia lembrar o Grêmio Foot-Ball Porto Alegrense.
Em 2010, disputa com a nova denominação pela primeira vez, o Campeonato Estadual da Série C de Profissionais do Estado do Rio de Janeiro.
Estádio
Cláudio Moacyr de Azevedo
Capacidade 16.000